En el año 1200, Yesa ya tenía una presencia significativa en la región de Navarra. Un elemento clave de la localidad en esa época fue la antigua iglesia de San Esteban, construida originalmente en ese año. Este templo, que más tarde fue modificado en el siglo XVI, formaba parte del Camino de Santiago, lo que le otorgaba relevancia dentro de las rutas de peregrinación medievales.
La iglesia de San Esteban fue utilizada como parroquia hasta 1950, cuando se construyó una nueva iglesia en Yesa debido al aumento de población por la construcción del embalse. Durante siglos, el templo original sufrió modificaciones y restauraciones, y en el siglo XVI se añadieron elementos como la puerta y las bóvedas. En el siglo XXI, se descubrieron pinturas murales ocultas bajo capas de cal, lo que llevó a una restauración completa del edificio.