En el año 1512, Yesa formaba parte del Reino de Navarra, que en ese momento enfrentaba la invasión de las tropas de Fernando el Católico, rey de Aragón y Castilla. Este evento marcó el inicio de la Conquista de Navarra, un proceso que llevó a la anexión de la Alta Navarra a la Corona de Castilla.
La conquista fue promovida por Fernando el Católico, quien justificó la invasión alegando que Navarra tenía vínculos con Francia, un enemigo de Castilla en ese momento. A pesar de la resistencia de los navarros, la ocupación se consolidó en los años siguientes, y en 1529 Navarra quedó definitivamente bajo dominio castellano.