En 1939, Yesa seguía siendo una pequeña localidad dentro de la Comunidad Foral de Navarra, en España. Ese año marcó el final de la Guerra Civil Española, con la victoria del bando franquista el 1 de abril. La posguerra trajo consigo una fuerte represión política y social, afectando a muchas localidades, incluida Yesa.
En el cementerio de Yesa, se han identificado posibles fosas comunes con víctimas de la represión franquista. Según testimonios, en el segundo túnel del embalse de Yesa fueron asesinadas once personas (diez hombres y una mujer), cuyos cuerpos fueron enterrados en el cementerio. Otros relatos mencionan víctimas procedentes de Tiermas y Sos del Rey Católico, que también fueron enterradas en la zona.
La construcción del Embalse de Yesa permaneció paralizada debido a la guerra y la crisis económica de la posguerra. No sería hasta la década de 1940 cuando se retomaría el proyecto con modificaciones técnicas.