En 1936, Yesa, como muchas otras localidades de España, se vio afectada por el inicio de la Guerra Civil Española. Tras el golpe militar de julio de 1936, la localidad experimentó cambios políticos y sociales significativos. El Alcalde de Yesa, Santos Orduna Les, fue cesado de su cargo por el Comandante del puesto de la Guardia Civil, y varios empleados municipales fueron destituidos.
Durante la represión franquista, varios vecinos de Yesa fueron asesinados en diferentes lugares, como Salvatierra de Esca (Zaragoza), la carretera de Liédena y Monreal. En 2018, el Ayuntamiento de Yesa colocó una placa conmemorativa en la Plaza de Yamaguchi, en honor a los vecinos fusilados en 1936 por defender los valores republicanos.
Además, en la Tejería de Monreal, una de las fosas comunes más importantes de Navarra, fueron asesinadas en torno a un centenar de personas entre agosto y noviembre de 1936, incluyendo vecinos de Yesa.